Câu lạc bộ được thành lập vào ngày 3 tháng 5 năm 1903 với tên Heracles, theo tên con trai á thần của thần Zeus. Họ đổi tên vào ngày 1 tháng 7 năm 1974 thành SC Heracles '74 và cuối cùng chuyển sang tên hiện tại vào năm 1998.

Heracles đứng thứ sáu tại Eredivisie trong mùa giải 2015–16, đủ điều kiện tham dự vòng play-off châu Âu cuối mùa. Câu lạc bộ lần đầu tiên đánh bại FC Groningen và sau đó là FC Utrecht và do đó lần đầu tiên trong lịch sử câu lạc bộ đủ điều kiện tham dự bóng đá châu Âu, bắt đầu từ vòng sơ loại thứ ba của UEFA Europa League 2016–17.[1]

Chuỗi ba trận thua liên tiếp khiến Heracles kết thúc mùa giải 2021–22 ở vị trí thứ mười sáu, khiến họ phải tham dự trận play-off thăng hạng/xuống hạng. Câu lạc bộ đã xuống hạng Eerste Divisie sau khi thua chung cuộc 6-1 trước Excelsior Rotterdam ở bán kết.[2] Chưa đầy một năm sau, Heraclieden lập tức trở lại giải đấu hàng đầu với chiến thắng 3-0 trên sân nhà trước Jong PSV (đội trẻ PSV), giúp họ lọt vào top hai ở Eerste Divisie 2022–23.[3] Vào ngày 19 tháng 5 năm 2023, Heracles đã giành được danh hiệu vô địch Eerste Divisie lần thứ ba sau khi đánh bại Jong Ajax (đội trẻ Ajax) ở vòng đấu cuối cùng.[4]